Malte constitue le sud-est de l’archipel maltais composé au total de 8 îles. Elle est séparée au nord-ouest de Gozo, avec entre eux les îles de Comino et Cominotto. Malte est séparée de Comino par le détroit de Malte de 2 600 mètres de large avec le détroit de Gozo entre Comino et Gozo de 2 300 mètres de large. Au sud de Malte, la petite Filfla et son îlot frère de Filfoletta, réserve naturelle, éloignées de 4 500 mètres. Les deux îles de Saint-Paul au nord de Malte ferment la baie de Saint-Paul tandis que l’île Manoel est aujourd’hui reliée à la ville de Gżira.